自然保护区生态旅游尽管以保护为核心，如果失去严格的管理，仍然会对自然保护区内的环境带来一系列的影响，近年来由于国内自然保护区生态旅游发展过快，许多地区对于生态旅游的认识和理解仍很模糊，过分关注保护区与生态旅游二者间的互利关系以及保护区生态旅游的概念炒作，忽略了现实操作中的严格原则及规范，单纯追求经济利益，实质未能符合生态旅游的标准。据不完全估计，目前国内有超过22%的自然保护区环境因开展“生态旅游”而受到破坏，很多保护区出现不同程度的水污染、大气污染和噪声污染。目前我国自然保护区生态旅游中存在的主要问题可概括为以下几个方面：

       （1）无规划或规划不合理，管理混乱。很多自然保护区生态旅游上马仓促，未制定详细的生态旅游规划，绝大多数建设项目均未进行环境影响评价，在保护区内在区内大量营造过多的人造设施和人工景观，违背了生态旅游的初衷，直接造成自然景观破坏严重。同时自然保护区管理机构通常未与生态旅游经营相分离，由保护区直接管理区内的生态旅游，导致管理混乱，缺乏监督控制。

       （2）超范围、超容量开发严重。很多自然保护区开展生态旅游无视《自然保护区条例》的严格规定，并不局限于实验区内，通常在保护区缓冲区，甚至在资源最丰富和保护最严格的核心区内开展，实行超范围开发。同时一些热门自然保护区在黄金周等旅游旺季游客人数剧增，大大超过了保护区的环境容量，致使保护区中人多为患，对区内生态环境造成过度干扰，导致生境逆化。

       （3）环境污染严重。自然保护区生态旅游中产生的污染物一旦超过了自然保护区的自净能力，必然会对保护区内的水体、土壤、大气等各种环境因子及生物物种的繁衍生存造成严重的影响。目前我国自然保护区生态旅游中由于受游客综合素质偏低、环境保护意识较弱等问题影响，过多的游客产生的大量垃圾和生活废水，对自然保护区生态环境造成了严重的污染。

       （4）社区居民参与程度不高，利益分配不均。自然保护区内社区居民目前参与区内生态旅游的程度很低，多数仅参与了一些基础劳务性工作，很难参与到生态旅游的管理及决策工作中来，从中获得的经济收益也很少，并且由于居民参与的程度与自身富裕程度成正相关关系，因此在不同经济基础的社区居民中易导致“抑贫济富”的现象，加大居民的贫富差距。

       除此之外，随进入保护区进行生态旅游的游客的不断增加，也随机增加了外来入侵物种进入自然保护区的几率，使自然保护区这一天然的物种资源基因库面临外来入侵物种的威胁。

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