（1）产业结构不合理，产业特色不突出
        总体来讲，我国小城镇产业结构不合理，第二产业整体素质不高、档次低，第三产业发展严重滞后、规模小，缺乏聚集力。近年来，许多小城镇产业发展中都没有充分考虑和发挥小城镇的中心功能和特色优势，盲目模仿城市的产业布局，但是企业规模、技术装备、产品质量、人才素质、政策环境等方面均普遍低于城市工业企业，在对资源和市场的竞争中小城镇的工业明显处于不利地位。
        （2）产业与农业关联度弱
        根据赫希曼的产业关联理论，只有具有后向连锁效果的产业，才能有力地推动相关产业的发展。而我国多数小城镇的产业与农业关联度弱，缺乏对农业的“后向效应”。我国小城镇的产业结构受城市产业结构影响比较大，从产值来计算，重工业比重高于轻工业。在我国乡镇工业的十大部门中，只有以农产品为原料的食品、纺织、缝纫工业对农业有“后向效应”，但这些部门的比重不高：机械、化工行业中的部分工业，如农机、化肥、农药等，与农业有一定关联度，但仅能产生“前向效应”，其余如建材、采选、金属制品、塑料等与农业关联度较小。小城镇作为连接城市和乡村的纽带，对周边农村应该发挥区域中心和集聚功能。而我国小城镇的产业结构使之缺乏对农业人口的吸纳能力，对农产品的加工能力、农产品价值的提升能力也不高。
       （3）产业科技含量低
       一方面，我国小城镇的产业多为粗放型、小规模的传统产业，产品科技含量低，产品市场竞争力不强，生命周期短，产业缺乏可持续发展的动力。另一方面，小城镇缺乏产业经营与管理人才，这是未来制约我国小城镇产业发展的瓶颈问题。